ロゴをクリックした時に移動するページをホームに変更
PukiWikiにはトップページ（名前は変えられる）新規ページを作って、ホームにする機能が付いています。
しかし、そのままだとトップページとホームが別ということになり、SEO的にはあまり良くありません。
そこでロゴをクリックしたときはトップページ（http://aqwiki.net/）へ移動するように変更します。
変更方法
「skin ＞ pukiwiki.skin.php」を開き、ロゴへのリンクを
<?php echo $link['top'] ?>
という表記から
<a href="http://aqwiki.net/">
へと変更しました。
見た目には（ソース的にも）一切わかりませんが、アクアリウムWikiページのリンクも載せておきます。クリックして確かめてみてください。