サイドメニュー上部に設置するにはプラグインをいじる必要あり

メニューバーの下に表示するなら「skin」フォルダの「pukiwiki.skin.php」にコードを追加するだけです。

しかし、メニューバーの上に表示するには以下のようにする必要があります。
少し手間取ったのでメモ。

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設置方法

メニューバーはpluginになっているので、「pluginフォルダ」の「menu.inc.php」に追加する必要があります。
Adsenseコードを取得したら、上記「menu.inc.php」を開き、39行目にある

$_page = join('/', $path) . '/' . MENU_SUBMENUBAR;

の後にアドセンスコードを挿入します。

$_page = join('/', $path) . '/' . MENU_SUBMENUBAR;
echo '<!-- Google広告サイドバー -->
<div class="googlesidebar">
<script type="text/javascript"><!--
google_ad_client = "ca-pub-◯◯◯◯◯◯◯◯◯◯◯";
/* aqwikiサイドバー */
google_ad_slot = "◯◯◯◯◯◯◯◯◯◯◯◯";
google_ad_width = 200;
google_ad_height = 200;
//-->
</script>
<script type="text/javascript"
src="http://pagead2.googlesyndication.com/pagead/show_ads.js">
</script>
</div>
<!-- ここまでGoogle広告サイドバー -->';

echoで書きだして、コードをgooglesidebarというクラスで囲んでいます。IDは適宜自分のサイト用のものに差し替えてください。

サンプルは「アクアリウムWiki」をご覧ください。